Persebaran Fauna Indonesia dapat dikelompokkan menjadi tiga corak yang berbeda yaitu fauna bagian barat, tengah, dan timur. Garis yang memisahkan fauna Indonesia Bagian Barat dengan Tengah dinamakan garis Wallace, sedangkan garis yang memisahkan fauna Indonesia Bagian Tengah dan Timur dinamakan Garis Weber.
Persebaran Fauna Indonesia bagian barat memiliki ciri atau tipe seperti halnya fauna Asia sehingga disebut tipe Asiatis (Asiatic). Fauna bagian timur memiliki ciri atau tipe yang mirip dengan fauna yang hidup di Benua Australia, sehingga disebut Tipe Australis (Australic). Fauna bagian tengah merupakan fauna peralihan yang ciri atau tipenya berbeda dengan fauna Asiatis maupun Australis. Faunanya memiliki ciri tersendiri yang tidak ditemukan di tempat lainnya di Indonesia. Fauna tipe ini disebut fauna endemis.
Fauna Indonesia Bagian Barat
Fauna Indonesia bagian Barat atau tipe Asiatis mencakup wilayah Sumatra, Jawa, Bali, dan Kalimantan. Mamalia berukuran besar banyak ditemui di wilayah ini seperti gajah, macan, tapir, badak bercula satu, banteng, kerbau, rusa, babi hutan, orang utan, monyet, bekantan, dan lain-lain. Selain mamalia, di wilayah ini banyak pula ditemui reptil seperti ular, buaya, tokek, kadal, tokek, biawak, bunglon, kura-kura, dan trenggiling. Berbagai jenis burung yang dapat ditemui diantaranya burung hantu, gagak, jalak, elang, merak, kutilang, dan berbagai macam unggas. Berbagai macam ikan air tawar seperti pesut (sejenis lumba-lumba di Sungai Mahakam) dapat ditemui di wilayah ini. Perhatikan gambar di bawah ini yang merupakan contoh fauna Indonesia bagian Barat.
Fauna Indonesia Tengah atau tipe peralihan
Wilayah fauna Indonesia Tengah atau disebut pula wilayah fauna Kepulauan Wallace, mencakup Sulawesi, Maluku, Timor, dan Nusa Tenggara serta sejumlah pulau-pulau kecil di sekitar pulau-pulau tersebut. Fauna yang menghuni wilayah ini antara lain babi rusa, anoa, ikan duyung, kuskus, monyet hitam, kuda, sapi, monyet saba, beruang, tarsius, sapi, dan banteng. Selain itu terdapat pula reptil, Amphibia, dan berbagai jenis burung. Reptil yang terdapat di daerah ini, diantaranya biawak, komodo, buaya, dan ular.
Berbagai macam burung yang terdapat di wilayah ini diantaranya maleo, burung dewata, mandar, raja udang, rangkong, dan kakatua nuri. Berikut ini gambar contoh fauna Indonesia bagian Tengah.
Fauna Indonesia Bagian Timur
Fauna Indonesia Bagian Timur atau disebut tipe australic tersebar di wilayah Papua, Halmahera, dan Kepulauan Aru. Fauna berupa mamalia yang menghuni wilayah ini antara lain kanguru, beruang, walabi, landak irian (nokdiak), kuskus, pemanjat berkantung (oposum layang), kangguru pohon, dan kelelawar. Di wilayah ini tidak ditemukan kera. Di samping mamalia tersebut terdapat pula reptil seperti biawak, buaya, ular, kadal. Berbagai jenis burung ditemui di wilayah ini diantaranya burung cenderawasih, nuri, raja udang, kasuari, dan namudur. Jenis ikan air tawar yang ada relatif sedikit.
